**快的是超螺旋，其次是線性DNA，**慢的是開環(huán)DNA； 

其實我們提取質(zhì)粒的時候常見的是兩條帶：超螺旋和開環(huán)DNA，但是個人覺得線性的DNA也是存在的，只是量很少而已，因為質(zhì)粒如果變成線性的話，其就不能進行正常復制，就會慢慢降解掉。所以提取出來的量就會很少，但是我覺得是存在的。  

用酚、氯仿法從工程菌中提取的質(zhì)粒一般有三種構(gòu)像，即超螺旋，線形和開環(huán)。（開環(huán)質(zhì)粒是指雙鏈環(huán)狀的質(zhì)粒DNA有部分解鏈，因此電泳速度**慢）三種構(gòu)像的質(zhì)粒在瓊脂糖電泳的前后順序是超螺旋>線形>開環(huán)，線形的質(zhì)粒在中間，而開環(huán)的質(zhì)粒在**后。 

 

判斷質(zhì)粒質(zhì)粒好壞的一個指標就是超螺旋質(zhì)粒在所以質(zhì)粒中的含量。因為用質(zhì)粒轉(zhuǎn)染真核細胞時，超螺旋的質(zhì)粒效率**高，所以要求質(zhì)粒中超螺旋質(zhì)粒的含量要在90％以上，這也是對作為核酸疫苗重組質(zhì)粒的要求。 

 

根據(jù)我做實驗的經(jīng)驗，回答你的問題 

1 從細菌中大量提取的質(zhì)粒電泳時，不一定均出現(xiàn)三條帶，有時會出現(xiàn)兩條，甚**一條(一般是超螺旋的質(zhì)粒)，這跟上樣量也有些關(guān)系。出現(xiàn)不同的結(jié)果都是由抽提質(zhì)粒時的操作手法造成的。如果嚴格按照操作步驟，超螺旋的質(zhì)粒會較多。 

 

2 酶切將質(zhì)粒線性化以后，才可以用mark判斷大小。如果有三種構(gòu)像，可以用中間那條帶與mark比較判斷大小。 

 

3 商品化的質(zhì)粒我沒有直接跑過電泳。我估計應該大部分是超螺旋構(gòu)像。  

4 酶切后線性化條帶電泳時所處的位置就指示質(zhì)粒的大小 

  

首先得搞清楚，你用得內(nèi)切酶在質(zhì)粒序列中（包括你克隆的基因）總共有幾個位點？如果2個以上，出現(xiàn)上述結(jié)果就比較好解釋了。 可以將酶切前后得質(zhì)粒一起跑電泳，比較一下，酶切后得四條帶與酶切前兩條帶得大小是否有差異。  

部分酶切也是有可能的，原因是你的質(zhì)粒量太大，酶沒有作用完。或者是酶活力不夠/酶量太少。  

質(zhì)粒提取比較好的情況下，**前面得超螺旋構(gòu)像較多。假如提取質(zhì)粒時，加溶液II以后，劇烈地振蕩，你就會發(fā)現(xiàn)，在質(zhì)粒電泳圖中，開環(huán)構(gòu)像比例很高，甚**會超過超螺旋構(gòu)像的亮度，也就是說這種質(zhì)粒質(zhì)量很差。   

1，提質(zhì)粒**好用kit。現(xiàn)在國內(nèi)、國外的提質(zhì)粒kit很多，質(zhì)量都不錯，價格也不貴。一般提取1－5ml菌體質(zhì)粒的一次反應，可能就3－5元人民幣，半小時時間，一臺普通臺式離心機（可以不帶制冷的）。提取的質(zhì)粒質(zhì)量很好，一般都是超螺旋的，進行常規(guī)的分子生物學反應都沒有問題，且很少RNA和基因組DNA污染。一句話：省時省事質(zhì)好。用酚氯仿等抽，常會影響后續(xù)的操作。  

2，鑒定質(zhì)粒的方法。**好是測序。其次是多采用幾組酶進行雙酶切分析，再電泳檢測片斷大小與理論值是否一致。 

僅僅靠電泳質(zhì)粒判斷大小的方法來檢測誤差太大。一是因為質(zhì)粒結(jié)構(gòu)不均一，前面很多tx都提到了。二是質(zhì)粒太大后，其大小本身就不易從膠上判斷準確。比如一個5kb和5.5kb的質(zhì)粒其大小是不易從電泳膠上區(qū)分的。