電泳使用完全不同的分離機(jī)制。這對(duì)分離科學(xué)家有很多好處。直到毛細(xì)管電泳（CE）和毛細(xì)管電色譜（CEC）的出現(xiàn)，電泳不能自動(dòng)化，對(duì)于小分子的分析不夠精確，并且僅限于用于蛋白質(zhì)和其他生物分子。
 
CE和CEC已經(jīng)改變了這一點(diǎn)。這兩種技術(shù)都可以輕松實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化并且非常精確（與HPLC相同）。強(qiáng)大而可靠的分離科學(xué)家現(xiàn)在將電泳用作小分子和大分子的技術(shù)。
電泳是與色譜分離完全不同的機(jī)制。應(yīng)該用于以下原因：
非色譜。提供不同的信息。應(yīng)與色譜一起使用。
需要小樣本量。提供之前不可能的樣本分析。
低成本。CE和CEC的成本是在色譜中使用的溶劑的購(gòu)買和處理成本中實(shí)現(xiàn)的。
適用于在色譜（蛋白質(zhì)，多肽，核酸，堿性藥物，手性化合物）中呈現(xiàn)昂貴和耗時(shí)挑戰(zhàn)的化合物，
易于開(kāi)發(fā)的分析方法。