將氨基酸樣品和緩沖溶液置于凝膠上。然后電壓施加到凝膠上。如果氨基酸的等電點低于緩沖液的pH值，它將變成帶負電的。氨基酸會移向帶相反電荷的電極，它們會根據分子量分離。氨基酸的位置可以通過染色來檢測。然后測量氨基酸行進的距離并在標準中比較。