瓊脂糖凝膠電泳是分離蛋白質，DNA或RNA的常規方法。
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DNA分子大小的估計
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分析PCR產物，例如在分子遺傳學診斷或遺傳指紋分析中
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在進行Southern分析之前，先對限制性基因組DNA進行分離，在進行Northern分析之前，先對RNA進行分離。
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瓊脂糖凝膠電泳廣泛用于評估限制酶消化后的DNA片段大小，例如在克隆DNA的限制性圖譜中。
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瓊脂糖凝膠電泳通常用于解析具有不同超螺旋拓撲的環狀DNA，并解析由于DNA合成而不同的片段。
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除了為片段大小分析提供出色的培養基外，瓊脂糖凝膠還可以純化DNA片段。由于純化在瓊脂糖凝膠中分離的DNA片段對于許多分子技術（例如克隆）是必需的，因此能夠從凝膠中純化目標片段至關重要。
